Sct. Mariæ Kirkes orgel blev bygget o. 1641 af orgelbyggeren Johan Lorentz (f. o. 1580 i Sachsen, død 1650 i Helsingør).

Orglet havde ManualWerk med 9 stemmer, Positiv med 7 stemmer og PedalWerk med 8 stemmer. Orglet blev ombygget 1662-63 af orgelbyggeren Hans Christoff Frietzsch (f.o. 1600 i Tyskland, død 1674 i Tyskland). Det skete i de år, hvor komponisten Diderich Buxtehude virkede som organist ved Sct. Mariæ Kirke (1660-68).

Dette orgel stod der til 1854, hvor Marcussen & Søn byggede et nyt orgelværk på 21 stemmer bag de gamle orgelhuse. I 1960 udskiftede Th. Frobenius & Sønner Marcussen-orglet med et neoklassisk værk. Dette orgel havde 9 stemmer i Hovedværk, 7 stemmer i Rygpositiv, 5 stemmer i et nytilføjet Brystværk og 8 stemmer i Pedal. Orglet stod indtil 1. oktober 1995. En stor pengegave har skabt mulighed for at nybygge orgelværket efter historisk forbillede; det "nye" orgel blev taget i brug d. 1. februar 1998. Orglet er teknisk og klangligt i en skikkelse som et orgel fra o. 1650. Orglet er bygget af Marcussen & Søn. Professor, Dr. Cornelius H. Edskes, Groningen, var kunstnerisk leder af orgel-projektet; domorganist Kristian Olesen, Roskilde, var menighedsrådets orgelkonsulent på projektet.

Sct. Mariæ Kirkes "nye" orgel - 30 stemmer

Manualwerk (CDEFGA-c3):

Principal 8 Fuss, Gedact 8 Fuss, Octava 4 Fuss, RohrFlöit 4 Fuss, Quinte 3 Fuss, Octava 2 Fuss, ZifFlöit 1½ Fuss, MiksTur III-IV Fach, Trompete 8 Fuss.

RückWerk (CDE-c3):

Gedact 8 Fuss, Principal 4 Fuss, Flöit 4 Fuss, Quinte 3 Fuss, Octava 2 Fuss, SesQuialter II Fach, Scharf III Fach, KrumbHorn 8 Fuss.

BrustWerk (CDEFGA-c3):

Gedact 8 Fuss, Flöit 4 Fuss, GemsHorn 2 Fuss, Sedecima 1 Fuss, Regal 8 Fuss.

PedalWerk (CDE-d1):

UnterSatz 16 Fuss, Principal 8 Fuss, Gedact 8 Fuss, Octava 4 Fuss, RauschPfeiffe III Fach, PoSaun 16 Fuss, Trompete 8 Fuss, Trompete 4 Fuss.

Kopler: MW+BW, RP+MW,PW+MW, PW+RW. Tremulant for MW, BW og PW; tremulant for RP. Zimbelstern.
Spærreventiler for MW og BW, RP og PW. 3 kilebælge med trædeanordning; kilebælgene fungerer desuden som magasinbælge i forbindelse med centrifugal- blæser.
Temperering: uligesvævende. Tonehøjde: a1 435hz ved 15 grader C. Mekanisk traktur og registratur; sløjfevindflader.